En 1972, dans l'établissement de Yomiyama au Japon, une jeune nommée Yomiyama Misaki meurt dans un accident mystérieux. Ses camarades de la classe 3-3, très attristés et ne voulant pas y croire, décident de faire comme si elle était encore en vie jusqu'à la fin de l'année, lors de la remise des diplômes. C'est alors le début d'une longue histoire...

Vingt-six ans après le drame, en 1998, un jeune garçon nommé Koichi Sakakibara est transféré dans la classe 3-3.
Il fait alors la connaissance d'une élève très discrète et mystérieuse, Misaki Mei qui porte un étrange bandeau à son œil gauche à laquelle aucun autre élève ne semble parler ou prêter attention.
Dans cette classe, il y découvre une atmosphère tendue ainsi qu'un étrange comportement provenant de ses nouveaux camarades de classe qui semblent cacher un secret terrible et inavouable...